Der Cementerio de San Rafael wurde 1835 fertiggestellt wurde, da der ältere Friedhof Nuestra Señora de la Salud nicht mehr ausreichte. Im Jahr 1849 erhielt der Friedhof wichtige Erweiterungen, darunter eine Kapelle, ein Wohnhaus und mehrere Verwaltungsräume. Für diese Bauten wurden unter anderem Türen und Säulen aus dem aufgelösten Kloster San Pablo sowie ein Altar aus dem Kloster der Augustinerinnen von der Encarnación wiederverwendet. Die Arkadengalerien mit ihren Grabplatten entstanden ab 1861 und prägen bis heute den Charakter des Friedhofs.
Zu den bekanntesten hier beigesetzten Persönlichkeiten gehört der Maler Julio Romero de Torres, der von 1874 bis 1930 lebte und als einer der bedeutendsten Künstler des modernen Córdoba gilt. Zusammen mit den Grabstätten der Familie Romero Barros, des britischen Malers Francis William Topham und weiteren bewahrt San Rafael ein ungewöhnlich vielfältiges kulturelles Gedächtnis aus Kunst, Musik und Literatur.
Prägend sind auch hier die für Spanien typischen "Nichos" oder "Nicheras" - auch Nischengräber genannt. Hier sieht man ganze "Blöcke", in denen Hunderte, wenn nicht gar Tausende von Särgen gestapelt sind. So ist es nachvollziehbar, dass es in Córdoba mit seinen über 300.000 Einwohnern nur zwei Friedhöfe gibt.
Auch hier entwickelt sich die Friehofskultur weiter, es gibt Sammelgräber, wie den Jardín de las Pirámides (Garten der Pyramiden), einen Platz der Begegnung (Punto de Encuentro) und vieles mehr.
Zwei weitere Dinge fallen hier auf: Zum einen ist der Erzengel Rafael als Schutzpatron von Córdoba und Namensgeber des Friedhofes überall präsent mit seinen typischen Insignien Pilgerstab und Fisch (siehe Buch des Tobias) und es streunen viele Katzen herum. Sie sehen recht gepflegt aus, sind neugierig, aber leider sehr scheu. Tatsächlich werden sie von Ehrenamtlichen betreut, die schadhafte Stelle an den Ohren weist nicht auf Kämpfe hin, sondern auf die Tatsache, dass sie kastriert sind.
